微生物生態学は環境微生物学のほか、微生物生理学、微生物系統進化学、微生物ゲノム科学、公衆衛生学、食品微生物学、環境バイオテクノロジーなどを網羅し、地球システム全体をその研究対象とする総合的学問である。微生物生態学会はそれらを包括する学会として設立された。学術集会を年１回開催するほか、日本土壌微生物学会、台湾微生物生態学会ならびに植物微生物研究会との共同編集により学術誌Microbes and Environments（IF＝2.912）を年４回刊行する。