染色体に関する学理およびその応用研究の進展と知識の普及を図ることを目的に、年一回学術集会、市民公開講座を全国各地又はオンラインで開催し、学会英文誌Chromosome Scienceを年１巻発行している。優れた業績を挙げた研究者に対する学会賞や論文賞、若手を対象とした年会におけるベストプレゼンテーション賞などの顕彰事業も行っている。また、アジアおよび大洋州における染色体研究フォーラムとして国際会議APCCを共同運営し、積極的に国際化を推進している。